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Pandas CSV 資料處理:效能最佳化與實務技巧

本文探討如何使用 Pandas 讀寫和處理 CSV 檔案,涵蓋了處理逗號、更改分隔符、檔案壓縮、以及大型 CSV 檔案的處理策略。此外,文章還探討瞭如何最佳化 Pandas 資料處理的記憶體使用,包括選擇合適的資料型別、使用分型別、以及省略不必要的欄位,並提供具體的程式碼範例和效能測試結果。最後,文章也探討了 CSV

資料科學 Python

CSV 檔案在資料科學領域應用廣泛,但處理大型 CSV 檔案時,效能和記憶體管理至關重要。Pandas 提供了強大的工具來讀寫和操作 CSV 資料,但若不妥善運用,可能導致效能瓶頸。本文將探討如何有效地使用 Pandas 處理 CSV 資料,並介紹一些最佳化技巧,以提升處理效率並降低記憶體消耗。首先,針對 CSV 檔案中常見的逗號問題,Pandas 能夠自動處理並正確解析資料。其次,可以根據需求更改分隔符,例如使用豎線或其他符號。對於大型 CSV 檔案,壓縮是一種有效的節省儲存空間的方法,Pandas 支援多種壓縮格式。

CSV 資料讀寫:深入理解與實務應用

在資料交換的世界中,CSV(Comma-Separated Values)是最常見的格式之一。雖然CSV沒有官方標準,但大多數開發者和使用者都認為它是一個純文字檔案,每行代表一個資料行,而每行中的資料則以分隔符(通常是逗號)來區分。然而,這種簡單的結構也帶來了許多挑戰。

CSV 格式的基本概念

CSV格式的核心理念是簡單且通用,每行代表一個記錄,記錄之間以分隔符(如逗號、管道符等)分隔。這種設計使得CSV格式非常容易生成,但也因此讀取時需要處理更多複雜情況。例如,當分隔符出現在資料內時,必須使用引號來包裹該欄位,以避免解析錯誤。

以下是一個簡單的CSV檔案範例:

column1|column2
"a|b"|c

在這個範例中,第一行是標題行,第二行是資料行。由於第二行的第一個欄位中包含了分隔符「|」,因此使用引號來包裹該欄位。

CSV 的優缺點

CSV格式的優點在於其簡單性和廣泛支援,但其缺點也顯而易見。首先,CSV格式缺乏元資料(metadata),這意味著讀取器需要自行解析分隔符和引號規則。其次,CSV是純文字格式,相較於二進位制格式(如Apache Parquet),其儲存效率較低。儘管可以透過壓縮來部分彌補這一缺點,但總體來說,CSV並不是最有效的資料儲存方式。

使用 pandas 讀寫 CSV

儘管有上述缺點,CSV格式仍然廣泛使用。因此,瞭解如何使用pandas讀寫CSV檔案至關重要。

基本操作

首先,建立一個簡單的DataFrame:

import pandas as pd

data = [
    ["Paul", "McCartney", 1942],
    ["John", "Lennon", 1940],
    ["Richard", "Starkey", 1940],
    ["George", "Harrison", 1943],
]
columns = ["first", "last", "birth"]
df = pd.DataFrame(data, columns=columns)
df = df.convert_dtypes(dtype_backend="numpy_nullable")
print(df)

這段程式碼建立了一個包含四個名人資訊的DataFrame。

寫入 CSV

使用to_csv方法將DataFrame寫入CSV檔案:

import io

buf = io.StringIO()
df.to_csv(buf)
print(buf.getvalue())

在這裡,我們使用io.StringIO來模擬檔案操作。to_csv方法將DataFrame轉換為CSV格式並儲存在記憶體中。

讀取 CSV

接下來,使用pd.read_csv方法從記憶體中讀取CSV資料:

buf.seek(0)
pd.read_csv(buf, dtype_backend="numpy_nullable")

這段程式碼從io.StringIO物件中讀取CSV資料並轉換為DataFrame。預設情況下,read_csv會將索引列也視為一個普通列。

處理索引列

如果需要將第一列視為索引列,可以使用index_col=0引數:

buf.seek(0)
pd.read_csv(buf, dtype_backend="numpy_nullable", index_col=0)

或者在寫入CSV時停用索引列:

buf = io.StringIO()
df.to_csv(buf, index=False)
print(buf.getvalue())

這樣可以避免索引列被寫入CSV檔案。

引號處理

pandas預設情況下會正確處理引號問題。例如:

data = [
    ["McCartney, Paul", 1942],
    ["Lennon, John", 1940],
    ["Starkey, Richard", 1940],
    ["Harrison, George", 1943],
]
columns = ["name", "birth"]
df = pd.DataFrame(data, columns=columns)
df = df.convert_dtypes(dtype_backend="numpy_nullable")
print(df)

在這個範例中,名字中的逗號會被正確處理並用引號包裹。

內容解密:
  • 建立 DataFrame:首先我們建立了一個包含名人資訊的DataFrame。
  • 將 DataFrame 轉換為 CSV:使用 to_csv 方法將 DataFrame 轉換為 CSV 格式並儲存在記憶體中。
  • 將 CSV 轉換回 DataFrame:使用 pd.read_csv 方法從記憶體中讀取 CSV 資料並轉換為 DataFrame。
  • 處理索引列:如果需要將第一列視為索引列,可以使用 index_col=0 引數或在寫入 CSV 時停用索引列。
  • 處理引號問題:pandas 預設情況下會正確處理引號問題。

透過以上步驟和考量可以確保我們能夠高效地讀寫和處理 CSV 資料。

Pandas CSV 操作的深度探討

在進行資料分析時,CSV 檔案是最常見的資料格式之一。然而,當資料包含逗號或需要壓縮時,如何有效地處理這些檔案成為一個關鍵問題。以下,玄貓將帶領大家探討如何使用 Pandas 來解決這些挑戰。

CSV 檔案中的逗號處理

當 CSV 檔案中的欄位內容本身包含逗號時,Pandas 會自動參照這些欄位,以避免解析錯誤。以下是一個簡單的例子:

import io
import pandas as pd

data = {
    "name": ["McCartney, Paul", "Lennon, John", "Starkey, Richard", "Harrison, George"],
    "birth": [1942, 1940, 1940, 1943]
}
df = pd.DataFrame(data)

buf = io.StringIO()
df.to_csv(buf, index=False)
print(buf.getvalue())

內容解密:

此程式碼首先匯入必要的模組 iopandas,並建立一個包含名字和出生年份的資料集。接著,將這個資料集轉換為 DataFrame,並使用 to_csv 函式將其寫入到一個字串緩衝區中。最後,輸出緩衝區的內容。

name,birth
"McCartney, Paul",1942
"Lennon, John",1940
"Starkey, Richard",1940
"Harrison, George",1943

Pandas 會自動對包含逗號的欄位進行參照,以避免解析錯誤。這樣可以確保資料的完整性和準確性。

更改分隔符

除了逗號之外,我們也可以使用其他分隔符來處理 CSV 檔案。例如,使用竪線 | 作為分隔符:

buf = io.StringIO()
df.to_csv(buf, index=False, sep="|")
print(buf.getvalue())

內容解密:

此程式碼與前一段相似,但多了一個引數 sep="|",指定使用竪線作為分隔符。這樣可以避免在資料中出現逗號時的解析問題。

name|birth
McCartney, Paul|1942
Lennon, John|1940
Starkey, Richard|1940
Harrison, George|1943

CSV 檔案壓縮

CSV 檔案是純文字格式,但我們可以透過壓縮來節省儲存空間。Pandas 提供了多種壓縮選項,例如使用 Gzip:

buf = io.BytesIO()
df.to_csv(buf, index=False, compression="gzip")
len(buf.getvalue())

內容解密:

此程式碼使用 BytesIO 作為緩衝區,並指定 compression="gzip" 來壓縮 CSV 檔案。壓縮後的檔案大小顯著減少。

這樣可以有效節省儲存空間,但需要注意的是,壓縮和解壓縮過程會增加 CPU 的負擔。

@startuml
skinparam backgroundColor #FEFEFE
skinparam componentStyle rectangle

title Pandas CSV 資料處理:效能最佳化與實務技巧

package "Pandas 資料處理" {
    package "資料結構" {
        component [Series
一維陣列] as series
        component [DataFrame
二維表格] as df
        component [Index
索引] as index
    }

    package "資料操作" {
        component [選取 Selection] as select
        component [篩選 Filtering] as filter
        component [分組 GroupBy] as group
        component [合併 Merge/Join] as merge
    }

    package "資料轉換" {
        component [重塑 Reshape] as reshape
        component [透視表 Pivot] as pivot
        component [聚合 Aggregation] as agg
    }
}

series --> df : 組成
index --> df : 索引
df --> select : loc/iloc
df --> filter : 布林索引
df --> group : 分組運算
group --> agg : 聚合函數
df --> merge : 合併資料
df --> reshape : melt/stack
reshape --> pivot : 重新組織

note right of df
  核心資料結構
  類似 Excel 表格
end note

@enduml

圖示解說:

此圖示展示瞭如何透過更改分隔符和壓縮來處理 CSV 檔案。首先從原始的 CSV 檔案開始,然後指定分隔符來避免解析錯誤,接著對檔案進行壓縮以節省儲存空間。

大型 CSV 檔案的處理策略

處理大型 CSV 檔案時,經常會遇到記憶體不足的問題。為了應對這一挑戰,我們可以採取以下策略:

  • 逐行讀取:使用 chunksize 引數來逐行讀取大型 CSV 檔案。
  • 指定資料型別:在讀取 CSV 檔案時指定更高效的資料型別來節省記憶體。

以下是具體實作:

df = pd.read_csv("data/diamonds.csv", dtype_backend="numpy_nullable", nrows=1_000)
df.info()

內容解密:

此程式碼從 “data/diamonds.csv” 檔案中讀取前 1,000 行資料。使用 dtype_backend="numpy_nullable"nrows=1_000 引數來指定資料型別和讀取行數。

<class 'pandas.core.frame.DataFrame'>
RangeIndex: 1000 entries, 0 to 999
Data columns (total 10 columns):
# Column Non-Null Count Dtype
---
 
---
---
 
---
-
---
-
---
---
 
---
--
0 carat 1000 non-null Float64
...
dtypes: Float64(6), Int64(1), string(3)
memory usage: 85.1 KB

最佳化資料型別

在處理大型資料集時,選擇合適的資料型別至關重要。例如,price 欄位可以從 Int64 改為 Int16

df["price"].describe()

內容解密:

此程式碼使用 describe 函式來檢視 price 欄位的統計資訊。

count   1000.0
mean    2476.54
std     839.57562
min     326.0
25%     2777.0
50%     2818.0
75%     2856.0
max     2898.0
Name: price, dtype: Float64

根據統計結果,我們可以發現 price 欄位的值範圍在 3262898 做結合最小值與最大值之間。這意味著我們可以將其改為 Int16 資料型別來節省記憶體。

df = pd.read_csv("data/diamonds.csv", dtype={"price": "Int16"}, nrows=1_000)
df.info()

內容解密:

此程式碼重新讀取 “data/diamonds.csv” 檔案時指定 price 欄位為 Int16 資料型別。

<class 'pandas.core.frame.DataFrame'>
RangeIndex: 1_00 entries, from to...
dtypes: Int6(新加入), Float6(少了一個), string(3) 原本維持不變。
memory usage: xxxxKB (比上一次減少一些)

最佳化Pandas資料處理與記憶體使用

在處理大型資料集時,最佳化記憶體使用是非常重要的。Pandas提供了多種方法來減少資料框架的記憶體佔用,這些方法包括選擇合適的資料型別、使用分型別、以及省略不必要的欄位。以下將詳細說明這些技術,並結合具體案例來展示其應用。

使用適當的資料型別

在讀取CSV檔案時,可以利用dtype引數來指定每個欄位的資料型別,這樣可以減少不必要的記憶體佔用。以下是一個具體的例子:

import pandas as pd

dtypes = {
    "carat": pd.Float32Dtype(),
    "cut": pd.StringDtype(),
    "color": pd.StringDtype(),
    "clarity": pd.StringDtype(),
    "depth": pd.Float32Dtype(),
    "table": pd.Float32Dtype(),
    "price": pd.Int16Dtype(),
    "x": pd.Float32Dtype(),
    "y": pd.Float32Dtype(),
    "z": pd.Float32Dtype(),
}

df2 = pd.read_csv(
    "data/diamonds.csv",
    nrows=1_000,
    dtype=dtypes
)

df2.info()

內容解密:

  • 程式碼作用:這段程式碼讀取名為diamonds.csv的CSV檔案,並指定每個欄位的資料型別。
  • 觀念:透過指定適當的資料型別,可以有效減少記憶體佔用。例如,將price欄位設為Int16Dtype(),而不是預設的Int64
  • 邏輯:首先定義一個字典dtypes,其中鍵為欄位名稱,值為對應的資料型別。然後在讀取CSV檔案時使用dtype引數來應用這些資料型別。

驗證資料完整性

在進行資料型別轉換後,應該驗證資料是否保持完整。可以使用describe()方法來檢查統計資料,確保轉換前後的資料一致。

df.describe()
df2.describe()

內容解密:

  • 程式碼作用:這段程式碼分別對原始資料框架和轉換後的資料框架進行描述性統計分析。
  • 觀念:透過比較兩個資料框架的統計資料,可以確保轉換過程中未改變原始資料。
  • 邏輯:先計算原始資料框架的統計資料,再計算轉換後的資料框架的統計資料,比較兩者是否一致。

使用分型別

某些欄位可能具有低基數(即唯一值較少),這些欄位適用於分型別。分型別可以進一步減少記憶體佔用。

cat_cols = ["cut", "color", "clarity"]
df3[cat_cols] = df3[cat_cols].astype(pd.CategoricalDtype())
df3.info()

內容解密:

  • 程式碼作用:這段程式碼將指定欄位轉換為分型別。
  • 觀念:分型別適用於唯一值較少的欄位,可以大幅減少記憶體佔用。
  • 邏輯:首先定義一個列表cat_cols,包含需要轉換為分型別的欄位名稱。然後使用astype()方法將這些欄位轉換為分型別。

省略不必要的欄位

如果某些欄位在後續分析中不需要,可以在讀取CSV檔案時省略這些欄位,進一步節省記憶體。

dtypes = {
    "carat": pd.Float32Dtype(),
    "cut": pd.StringDtype(),
    "color": pd.StringDtype(),
    "clarity": pd.StringDtype(),
    "depth": pd.Float32Dtype(),
    "table": pd.Float32Dtype(),
    "price": pd.Int16Dtype(),
}

df4 = pd.read_csv(
    "data/diamonds.csv",
    nrows=1_000,
    dtype=dtypes,
    usecols=dtypes.keys()
)

cat_cols = ["cut", "color", "clarity"]
df4[cat_cols] = df4[cat_cols].astype(pd.CategoricalDtype())
df4.info()

內容解密:

  • 程式碼作用:這段程式碼在讀取CSV檔案時省略不必要的欄位。
  • 觀念:透過省略不必要的欄位,可以進一步減少記憶體佔用。
  • 邏輯:首先定義一個字典dtypes,包含需要保留的欄位及其資料型別。然後在讀取CSV檔案時使用usecols引數來指定需要保留的欄位。

測試結果

經過上述最佳化後,我們可以看到記憶體佔用顯著減少:

<class 'pandas.core.frame.DataFrame'>
RangeIndex: 1000 entries, 0 to 999
Data columns (total 7 columns):
# Column Non-Null Count Dtype
---
 
---
---
 
---
-
---
-
---
---
 
---
--
0 carat 1000 non-null Float32
1 cut 1000 non-null category
2 color 1000 non-null category
3 clarity 1000 non-null category
4 depth 1000 non-null Float32
5 table 1000 non-null Float32
6 price 1000 non-null Int16
dtypes: Float32(4), Int16(1), category(3)
memory usage: 26.4 KB

內容解密:

  • 測試結果:經過最佳化後,記憶體佔用從55.8 KB降低到26.4 KB。
  • 觀念:透過選擇適當的資料型別、使用分型別以及省略不必要的欄位,可以顯著減少記憶體佔用。
  • 邏輯:每個最佳化步驟都針對特定問題進行設計,如選擇合適的資料型別來減少儲存空間、使用分型別來處理低基數欄位、以及省略不必要的欄位來進一步節省記憶體。

未來趨勢與應用評估

隨著資料量日益增長,最佳化記憶體使用將成為越來越重要的課題。未來可能會有更多高效能編碼技術和硬體加速技術出現,進一步提升Pandas在處理大規模資料集上的效能。此外,雲端運算和分散式計算也將成為重要趨勢,允許我們在更大規模上進行資料分析。

小段落標題

玄貓認為未來技術發展方向包括以下幾點:

  • 高效能編碼技術:隨著編譯器和硬體最佳化技術的進步,編碼效率將進一步提升。
  • 雲端運算:雲端運算提供了更大規模和更靈活性強大能力作業所需之處理能力和儲存空間
  • 分散式計算:分散式計算框架(如Apache Spark)將成為處理大規模資料集的一個重要工具。
小段落標題

此外玄貓認為以下實務應用評估專案值得關注:

  • 資源管理:透過有效管理雲端運算和本地硬體資源來最佳化成本效益。
  • 資料清理與預處理:在大規模資料集中進行高效資料清理與預處理以提升下游任務之準確度。
  • 資料隱私與安全:確保在處理大規模資料集時保護隱私和安全。

玄貓建議未來研究方向應該注重於如何結合這些新技術和趨勢來提升Pandas等工具在處理大規模資料集上的效能。